Начальник Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі:

1. Перший заступник начальника митниці;

2. Заступники начальника митниці;

3. Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;

4. Головний державний інспектор - спеціаліст з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;

5. Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;

6. Відділ по роботі з персоналом;

7. Юридичний відділ;

8. Сектор інформаційних технологій;

9. Відділ з управління ризиками;

10. Сектор з питань запобігання та виявлення корупції;

11. Відділ організації роботи.

Перший заступник начальника Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі (Іванський Е.Б.):

1. Управління адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання;

2. Управління організації митного контролю та оформлення;

3. Сектор митної статистики;

4. Митний пост «Херсон - Аеропорт»;

5. Митний пост «Херсон - Центральний».

Заступник начальника - начальник Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії Митниці ДФС у Херсонській області. Автономній Республіці Крим та м. Севастополі (Кравченко В .М.):

1. Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;

2. Митний пост «Херсон - порт».

Заступник начальника Митниці ДФС у Херсонській області. Автономній Республіці Крим та м. Севастополі               (Колесніков В.І.)

1. Управління матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

2. Відділ чергових;

3. Митний пост «Каховка»;

4. Митний пост «Скадовськ».