Начальник Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі:

1. Перший заступник начальника митниці;

2. Заступники начальника митниці;

3. Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;

4. Головний державний інспектор – спеціаліст з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;

5. Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;

6. Відділ по роботі з персоналом;

7. Юридичний відділ;

8. Сектор інформаційних технологій;

9. Відділ з управління ризиками;

10. Спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції.

Перший заступник начальника Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі:

1. Управління адміністрування митних платежів;

2. Управління організації митного контролю;

3. Сектор митної статистики.

Заступник начальника Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі ( Кравченко В.М.):

1. Митний пост «Скадовськ»;

2. Митний пост «Каховка»;

3. Митний пост «Херсон-порт».

Заступник начальника Митниці ДФС у Херсонській області, Автомній Республіці Крим та м. Севастополі – начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії:

1. Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;

2. Управління матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

3. Відділ чергових.

Заступник начальника митниці – начальник митного поста «Херсон-центральний» Митниці ДФС у Херсонській області, Автономній Республіці Крим та м. Севастополі:

1. Митний пост «Херсон-центральний».